记者11月1日从多家物流企业处获悉，财政部和税务局正在委托下属地方机构在上海密集调研企业对增值税制度改革试点的看法，希望尽快综合意见出台细则，而一些此前就可以抵扣营业税的物流企业测算，如果按照新的增值税改革，企业要缴纳的税赋可能不降反升。
为进一步解决货物和劳务税制中的重复征税问题，近期国务院常务会议决定从2012年1月1日起，在部分地区和行业开展深化增值税制度改革试点，逐步将目前征收营业税的行业改为征收增值税。而上海市交通运输业和部分现代服务业将先行试点深化增值税制度改革，在现行增值税17%标准税率和13%低税率基础上，新增11%和6%两档低税率。
而现在物流企业主要缴纳的是营业税，营业税税目将物流业务划分为运输与服务(包括仓储、代理等)两大类。运输、装卸、搬运的营业税税率为3%，仓储、配送、代理等的营业税税率为5%。而且对于网络化经营、一体化运作的物流企业来说，一般都是依靠加盟或者成立子公司来扩大网络以吸引更多客户，此外还会跟其他公司通过转包、联运、挂靠等多种方式合作，这中间就会有很多重复纳税的可能。
如果将营业税改为增值税后，在加盟和转包环节产生的运输费用，理论上就可以抵扣后再缴纳增值税，因此，此次增值税改革理论上可以解决重复征税问题。
不过，一家总部在上海的大型公路运输企业的高层告诉记者，对于很多大型物流企业来说，由于此前已经成为减税的试点企业，缴纳营业税之前已经可以抵扣在加盟和转包环节产生的运输费用，此次如果改为缴纳增值税，等于企业要缴纳的税率从3%增加到了6%甚至是11%，“根据我们的测算，如果按照6%征税，一年要多交税1000多万，如果按照11%征税，一年要多缴税3000多万。”
据记者了解，像上述已经进入减税试点的物流企业目前已有593家，而且大多是规模较大的公路运输或仓储企业，这些企业期待税改细则能够进一步明确物流企业到底是按照6%征税还是11%征税，并且能够用作抵扣的费用包括办公费、管理费等。
对于此次的增值税改革，平安证券的最新研报也指出，增值税改革后交通运输企业“税负”增加的可能性更大。实行增值税以后，企业可以通过抵扣购买原材料产生的成本进项税款来减少负税，而不像以前所有的营业收入统一缴纳营业税。但是增值税率相对于营业税率来说要高很多，预计交通运输企业按照11%的税率来征收增值税的可能性较大，在此情况下，运输类企业需要抵扣的成本必须占营业收入73%以上，仓储类企业要抵扣的成本必须占营业收入55%以上，否则对企业来说实际上是增加税负而不是减少税负。