记者援引权威渠道的消息称，为此上海市当年税收收入将减少100亿元。不过，上海表示，试点造成的减收自行承担，不需中央补贴。对此，前述知情人士坦言，上海在交通运输业实行增值税试点改革，的确会对地方的税收收入产生影响，但上海宁愿牺牲这部分收入，也要推动服务经济的转型。他进一步表示，虽然上海在交通运输业试点增值税扩围，是增值税改革的一个序幕，但从其模式来看，并没有解决地方和中央在税收分成上的问题，因此能否在其他行业和地区推广，依然存在难点。增值税是中国第一大税种，目前属国税，中央每年返还25%给地方;营业税则是地方税，并且是地方税中最大的一个税种，自1995年起，营业税基本上都占地方税收的四成以上。这意味着，如果营业税被增值税替代，直接的后果是地方将失去第一大税种。
有评论称，增值税转型自2003年10月提出历时5年方得以实施，而增值税替代营业税推行复杂程度将远大于第一步。此外，机构改制也是一大困难。营业税是地方税中最大的一个，地税部门如果没有了营业税，其职能将受到质疑。据报道，上海能试点，一是因为建国际航运中心要尽快出台针对交通运输业的优惠政策，另一方面作为财政特区，上海的国税、地税和财政都是一个机构、一套班子，好协调。所以，即使上海成功试点，其结果也不会有很强的代表性和示范性。