《条例》分为总则、水路运输经营者、水路运输经营活动、水路运输辅助业务、法律责任、附则6章。《条例》明确，国家鼓励和保护水路运输市场的公平竞争，禁止垄断和不正当竞争行为。国家运用经济、技术政策等措施，支持和鼓励水路运输经营者实行规模化、集约化经营，促进水路运输行业结构调整；支持和鼓励水路运输经营者采用先进适用的水路运输设备和技术，保障运输安全，促进节约能源，减少污染物排放。国家保护水路运输经营者、旅客和货主的合法权益。
《条例》规定，外国的企业、其他经济组织和个人不得经营水路运输业务，也不得以租用中国籍船舶或者舱位等方式变相经营水路运输业务。香港特别行政区、澳门特别行政区和台湾地区的企业、其他经济组织以及个人参照适用前款规定，国务院另有规定的除外。
《条例》还规定，为保障水路运输安全，维护水路运输市场的公平竞争秩序，国务院交通运输主管部门可以根据水路运输市场监测情况，决定在特定的旅客班轮运输和散装液体危险货物运输航线、水域暂停新增运力许可。
10月26日，交通运输部政策法规司司长何建中接受采访，对《条例》作了全面解读。
修订正当时
国务院1987年发布施行的《水路运输管理条例》，对推动国内水路运输的发展发挥了积极作用，但其中不少规定已明显不适应社会主义市场经济发展和依法行政的要求，如：所规定的行政审批范围过宽，除从事经营性水路运输应经审批外，从事水路运输代理等运输服务业务也要审批；对行政审批程序未作规定，与行政许可法的规定不符；由政府交通主管部门对水路运输计划进行综合平衡的规定，以及港口应按国家计划向船舶提供港口服务等反映计划经济要求的规定，实际已不适用；条文的规定也过于粗略，可操作性不强。此外，水路运输的安全管理、节能减排、运力调控和信息公开等方面基本没有涉及。因此，对该条例进行修订是非常必要的。
新《条例》的颁布施行，是交通运输法制建设的又一重大成就，是一件将对水路运输行业发生长远影响的大事，体现了党中央、国务院对水路运输事业的高度重视。修订原条例的主要目的是规范国内水路运输经营行为，维护国内水路运输市场秩序，保障国内水路运输安全，促进国内水路运输业健康发展。《条例》的颁布实施，有利于水路运输行业在法治的轨道上，通过制度创新实现行业有序良性发展，通过行业调控实现水路运输结构调整，通过依法监管实现发展、质量、安全、环保、节能等综合目标。
《条例》作为水路运输行业发展的基本法，以行政法规的形式规定了行业内外相关各方的权利、义务、责任，对于统一全社会认识，凝聚各方面力量，改善行业发展环境，规范行业竞争行为，从而形成发展的合力和前进的动力，具有十分重大的现实意义。
《条例》的颁布实施，对水路运输业产生深远的影响，主要表现在以下五个方面：一是有利于形成统一规范、竞争有序的水路运输市场，维护正常的水路运输市场秩序；二是有利于引导水路运输行业转变发展方式，加快水路运输结构调整步伐，实现由传统产业向现代水路交通运输业的转型；三是有利于充分发挥水运的优势，进一步推动节能减排和低碳发展战略、实现低碳绿色交通体系；四是有利于强化水路运输安全管理，为水路运输提供安全保障；五是有利于提升应急保障能力，确保优先运送急运物资、人员，以及保障紧急、重要的军事运输。
四大亮点
《条例》的亮点主要体现在四个方面：一是减少了行政许可事项，简化了审批程序；二是进一步明确了水路运输交通主管部门的公共管理职能；三是进一步强化了水路运输安全；四是进一步明确了水路运输行业节能减排的法律义务。
亮点一：关于水路运输审批事项，这是水路运输经营者比较关注的一个问题。在过去的水路运输管理中，确实存在审批事项多、审批效率不高等问题。因此，《条例》在市场许可制度上，一方面减少了三项经营审批范围，即船舶代理、水路旅客运输代理、水路货物运输代理业务，另一方面细化了设立水路运输企业和船舶管理企业的许可实体条件，同时对审批程序和审批时效进行了规定，有利于提高工作效率。
亮点二：进一步明确了交通运输主管部门的公共管理职能。一是进一步强化了市场监管，严格了市场准入条件、规范了水路运输经营活动、明确了水路运输辅助业务经营者的法律义务；二是强化了公共服务责任，首先是维护公平竞争的市场秩序；三是可根据水路运输市场监测情况在特定的旅客班轮运输和散装液体危险货物运输航线、水域调控运力；四是公开信息。
亮点三：保证水运安全的针对性规定。首先，对从业人员资格作出规定，运输企业和船舶管理企业要有与经营范围和船舶规模相适应的海务、机务管理人员，运输企业还须有一定比例的高级船员；第二，对运营的船舶作出规定，船舶须取得有效的船舶登记证书、检验证书、船舶营运证件，满足船型技术标准和船龄的要求；第三，对不能满足安全管理需要的运输企业作出限制。除此之外，《条例》还对重点保障紧急运输、重要的军事运输作了规定，为加强水路运输安全管理和应对突发事件提供了有力的保障。
亮点四：贯彻水路运输行业低碳发展和节能减排战略。针对内河运输中部分老旧船舶技术标准低，船型过于杂乱，既不利于保障安全和节能减排，也严重影响航道和通航设施通过能力，大大降低了部分主要内河航道通行效率的突出问题，在总结京杭运河、长江干线采用经济手段引导内河船舶实行船型标准化的成功经验基础上，在《条例》中明确了制定并实施新的船舶技术标准时，对不符合新标准但尚未达到规定报废船龄的在用船舶，通过采取资金补贴等措施，引导、鼓励经营者进行更新、改造。同时支持和鼓励水路运输经营者采用先进适用的水路运输设备和技术，促进节约能源，减少污染物排放。
四大措施
《条例》的修订是广大船主、从业人员、航运企业、航运服务业以及其他有关方面非常关注的，是与他们的工作、生活密切相关的。在《条例》的修订过程中，遵循了民主立法、科学立法的原则。一是认真总结了二十多年来的实践经验，保留实践中行之有效的一些做法，适应新的形势发展的需要，增加了促进水路运输科学发展的一些规定；二是开展了广泛的调查研究，听取部分水路运输企业、行业协会特别是个体运输户等方面的意见和建议，切实保护水路运输经营者、旅客和货主的合法权益；三是利用互联网公开征求全社会的意见和建议，充分听取民众意见，做到开门立法；四是征求了中央有关部门、部分地方政府及部门的意见，力争做到法律制度及管理手段之间的和谐统一。
为了保证《条例》的有效贯彻和实施，交通运输部将从普法宣传、配套制度、队伍建设、加强监管等四个方面做好条例的宣传贯彻落实工作。
其中，关于配套制度，一要全面清理有关规范性文件，对与《条例》的明文规定或立法精神不相符的，该修改的修改，该废止的废止。二要研究修订、制定相关配套规章，要抓紧制定有关水路运输经营者诚信制度、经营水路运输业务行政许可的具体管理办法、水路运输辅助业务等方面的具体管理办法。通过细化《条例》的有关制度，进一步增强可操作性。三要对《条例》的实施情况进行评价，提出完善建议。
关于监督管理方面，一是要严格市场准入制度。凡是不具备《条例》规定条件的，决不能进入水路运输市场从事经营活动，把好行政许可关。二是要严格安全管理制度。认真落实好《条例》关于船舶标准化、危险货物运输、禁止超载运输、船员配备等制度，把好安全关。三是要严格法律责任。对于违反《条例》规定的行为要依法坚决予以查处和纠正，做到查纠并举，保证《条例》规定的严格落实，把好市场监管关。